בשנות השלושים של המאה העשרים היו ביטויים הולכים וגוברים של אנטישמיות שלא היו מוכרים בעבר יהודי תוניסיה חוו אנטישמיות מהימין הצרפתי, מהפשיזם האיטלקי בעיקר לאחר מניפסט הגזע האיטלקי מנובמבר 1938, ביטויים חדשים של אנטישמיות מהעולם הערבי וגם אנטישמיות מקומית. המינון של האירועים האנטישמים ועוצמתם לא הייתה גדולה ומשמעותית אך היא בהחלט הורגשה. יהודי תוניסיה היו מודעים למצב היהודים באירופה, לעליית הנאצים לשלטון בגרמניה ולמדיניות הפנים והחוץ התוקפנית שלהם. הם לקחו חלק בחרם על מוצרים גרמניים. ולבסוף, גם המציאות בארץ-ישראל השפיעה על יחסי יהודים ומוסלמים והעיבה על מערכת היחסים הזו.
בפרוץ מלחמת העולם השנייה גויסו היהודים בתוניסיה בעלי האזרחות הצרפתית ואחרים התנדבו ללגיון הזרים והיו מוכנים לתרום למען צרפת וניצחון בנות הברית במלחמה. אלא שהמציאות טפחה על פניהם ומהר מאוד. נפילתה של צרפת וכינון משטר וישי בצרפת ביוני 1940 הביא עימו בשורות מכאיבות. החל מאוקטובר 1940 התפרסמו צווים אנטישמיים שונים שמטרתם העיקרית היתה הדרתם של היהודים מכל מגע עם החברה הצרפתית והחזרתם של היהודים למעמדם המשפטי ולמצבם האזרחי שקדם לכיבוש של תוניסיה על ידי צרפת בשנת 1881. הצו הראשון של ממשל וישי האנטישמי עסק בביטול האזרחות הצרפתית ונישולם של היהודים ממקצעות שונים שעיקרם מגע עם הצרפתים. כך למשל, עובדי המינהל הקולוניאלי, רופאים, בנקאים, רוקחים, עיתונאים, מורים, אחיות בתי חולים ועוד, נאלצו לוותר על מקום עבודתם שבו תרמו לא מעט לשגשוגה של תרבות צרפת בתוניסיה. מימוש הצו לא היה אחיד שכן במקצועות מסוימים, כמו הרופאים, סילוקם של היהודים יכול היה לפגוע בבריאות הציבור וזאת בשל התפקיד הכל כך מרכזי והאיכותי שהיה ליהודים. צו אחר עסק בהגבלת מספר היהודים במערכות החינוך הצרפתי, מה שמקובל לכנות בשם נומרוס קלאוזוס. מספרם של היהודים הוגבל עד כדי 7% מכלל הלומדים במערכת החינוך הצרפתית. למזלם של התלמידים היהודים התקיימה בתוניסיה מערכת חינוך של כל ישראל חברים שיכולה היתה לקלוט את התלמידים במסגרתה ולמנוע הפסד של חומר לימוד. צו אחר עסק במפקד היהודים וברישום הרכוש שלהם כחלק מכוונה להלאימו.
אם לא די היה בזה הרי שתוניסיה היתה המדינה היחידה בארצות האסלאם שגם חוותה כיבוש ומלחמה על אדמתה וגם שליטה ישירה של הגרמנים ושל קציני SS. לאחר נחיתת הכוחות האמריקניים במבצע לפיד בנובמבר 1942 ולאור הכישלון של הגרמנים באל עלמיין השתלטו הגרמנים צבאית על תוניסיה כדי למנוע נפילת הכוחות הגרמניים איטלקיים בידי בנות הברית. ואכן ב 17 בנובמבר החלו הגרמנים משתלטים על תוניסיה ובמשך שישה חודשים החזיקו בה. על אדמת תוניסיה התנהלה מלחמה עקובה מדם בין בנות הברית לבין הגרמנים. הגרמנים, מודאגים ממצבם ומקשיי הלוגיסטיקה שלהם, השתמשו בכל מה שניתן היה להחרים מהקהילה היהודית. בנוסף להחרמות הרכוש נדרשה הקהילה היהודית לספק כוח אדם לעבודות כפייה לטובת הגרמנים. בתוניסיה הוקמו מעל 20 מחנות עבודה שבהם הוחזקו צעירים יהודים. הוטלו על היהודים קנסות כבדים מאוד. הקהילה היהודית התארגנה כדי להתמודד מצד אחד עם הדרישות הגרמניות ומצד אחד להיענות לצרכי האוכלוסייה היהודית בתקופה כה קשה, אולי הקשה ביותר בתולדות היהודים בתוניסיה בעת החדשה.
הביי אחמד השני שלט בתוניסיה משנת 1929 ונפטר ביוני 1942. הכרותו עם היהודים ועם תרומתם למדינה הייתה גדולה. הביי אחמד השני הישיש לא תמך במדיניות המפלה נגד היהודים בארצו. לא היו לא פעולות מחאה רשמיות אך הוא ידע למשל להעניק לכמה יהודים בכירים אות שנקרא נישאן איפתיכאר, האות הגבוה ביותר שמעניק הביי. משמעות הדבר היא שהוא לא שינה את מדיניותו כלפי היהודים על אף החוקים האנטישמיים. החליף אותו מונצף ביי שהיה קשיש וחולה ונפטר ב 15 במאי 1943, שבוע לאחר שחרורה של תוניסיה. בתקופה הקצרה של שלטונו הוא לא אפשר לאיטלקים לבטל את חוזה בארדו שהעניק לצרפתים את החסות על תוניסיה והיה עצמאי בדעותיו על אף גילו (יליד 1881). כחלק משמירה על האינטרסים של תוניסיה הוא לא היה שותף, עד כמה שידנו משגת לדעת, לפעילות הגרמנית נגד יהודי תוניסיה.
התפתחות מהלך המלחמה הביאה לסיום הכיבוש הגרמני במאי 1943. הקהילה היהודית, ההנהגה היהודית התחילו לטפל בנזקים שגרמה תקופה זו. לא כן הנוער היהודי שהבין כי עתידו בתוניסיה לוט בערפל והתארגנו בתנועות נוער ציוניות מגשימות. מכאן ואילך החלו לטפל גם בעליה בלתי ליגלית של יהודים לארץ-ישראל. אין ספק שתקופת המלחמה היתה לנקודת מפנה בחיי היהודים בארץ זו.